Sorunlar yapısaldır. Piyasalarla ilgilidir. Diğer tarım ülkelerinin korumacı tedbirlerinin yeterince uygulanmamasından kaynaklanmaktadır.

. Ülkemizdeki tarım işletmelerinin yaklaşık %70'inde hayvansal ve bitkisel üretimin birlikte yapılmakta, bitkisel üretimde çeşitlilik fazla olduğundan tarım işletmelerinde uzmanlaşma sağlanamamaktadır.

. Mazot, gübre, zirai ilaçlar, tarım makineleri, tohumluk gibi temel üretim girdilerindeki aşırı fiyat artışları, tarım işletmelerinin kârlarını önemli ölçüde düşürdüğü gibi pek çok üretici ve tarım işletmelerinin zarar etmesine yol açmaktadır.

. Uluslararası Para Fonu (IMF), Dünya Bankası (DB) ve Avrupa Birliği (AB)gibi kuruluşların ülkemiz tarımına yapmış olduğu dolaylı müdahaleler, tarım işletmelerini olumsuz yönde etkilemiştir.

. Geçmişte girdi bazında verilen devlet desteği, zamanla doğrudan gelir desteği haline dönüştürülmüş, bu durum sonucunda toprağı olup tarımsal faaliyetlerde bulunmayan kişilere gelir desteği sağlamış, yeni haksız rant kapıları doğmuş, gerçek üreticilere önemli bir katkı sağlamamıştır.

. Çiftçilerin eğitimi ve modern tarım teknolojilerinin kullanımında istenilen seviyeye ulaşılamamıştır.

. Üretiilerin bilgi ve sermaye birikimi yetersiz kalmış, tarım ile ilgili güncel gelişmeler üreticiler tarafından yakından takip edilememiş,yeni teknlojiler tarımda uygulanamamıştır.

. Küçük ölçekli ve daha çok aile tipi tarım işletmelerinin modern tarımsal araç ve gereçler ile modern tarımsal üretim teknikleri için gerekli olan finans kaynaklarına sahip olamamışlardır.

. Çiftçiler içinde bulundukları örgütsüzlük nedeniyle çoğu zaman mamullerini pazarlayamamış, aracılar tarafından düşük fiyatlar ile alınan mamuller tüketiciye yüksek fiyatlar ile satılmış, bu durum hem üreticiyi hem de tüketiciyi olumsuz etkilemiştir.

. Yetkisiz ve etkisiz "üretici birlikleri yasası" nın üreticiye hiçbir yararı olmamıştır.

. Toptancı hal yasası üretici lehine olmamış,yasa hükümleri uygulanamamaktadır.

. Türkiye'nin tarım sektörüyle ilgili en önemli sorunlarından biri de, gelişmiş ülkelere nazaran ortalama tarımsal arazilerin daha küçük olmasıdır.5403 Sayılı Arazi Koruma Yasası olumlı bir gelişme olmasına rağmen etkisi arazi büyülüklerine henüz yansımamıştır.

. Kırsal kesimlerdeki yüksek oranda işsizliğin bulunmaktadır.

. Devletteki küçülme politikaları sonucunda, geçmişte çiftçilere başarılı hizmetler sunan; zirai mücadele, toprak-su gibi bazı kurumların ortadan kaldırılması, çiftçinin hizmet alımının aksamasına yol açmış, dolayısı ile verimlilikte azamalar ortaya çıkmıştır.

. KİT adı verilen Kamu İktisadi Teşebbbüslerinin zarar ettikleri gerekçe ile tasfiye edilmeleri piyasa oluşturma ve dengeleme rollerinin yok olmasına yol açmış fiyatların oluşması tüccar,işletmeci ve ihracatçının insafına kalmıştır.

. Hayvan hastalıkları ile mücadelelerde yetersiz kalınmıştır.Özellikle büyükbaş hayvanlarda şap ve çiçek hastalıkları karşısında aciz kalınmıştır.